האגף לפיתוח אסטרטגי וארגון אחראי על פיתוח תשתיות ויכולות הנדרשות למל"ל לשם מימוש ייעודו וביצוע תפקידיו, וכן על גיוס המשאבים הנדרשים לשם כך, ניהולם ומימושם.
בראש האגף עומד סגן ראש המל"ל לפיתוח אסטרטגי וארגון - אל"מ (במיל') ראובן לוי.