אגף מודיעין, אינטגרציה וועדות שרים מתכלל ומכין את תמונת המודיעין והערכת המצב האינטגרטיבית הלאומית של המל"ל על בסיס עבודות המטה של אגפי תכנון המדיניות הדיסציפלינריים במל"ל ועל בסיס עבודות המטה של מע' החוץ והביטחון וקהילת המודיעין.
האגף אחראי לריכוז פעילויות המל"ל ופעילויות גופי החוץ והביטחון של המדינה הנוגעות להכנה ולביצוע וועדות והרכבי שרים בענייני ביטחון לאומי ולתדרוך ולהעמקת הידע הנדרש לשרים (בדגש לקבינט המדיני-ביטחוני).
בראש האגף עומד אל"מ (מיל') רן פלד.