בראש האגף עומד תא"ל (במיל')  מרדכי כהנא.

 
בראש האגף עומדת גב' אביבית בר -אילן.​

​אגף מזה"ת, אפריקה וקש"מ מרכז את התכנון המדיני-אסטרטגי במל"ל הנוגע לזירות המזרח התיכון ואפריקה וקשרים מיוחדים. 

אגף מודיעין, אינטגרציה וועדות שרים מתכלל ומכין את תמונת המודיעין  והערכת המצב האינטגרטיבית  הלאומית של המל"ל על בסיס עבודות המטה של אגפי תכנון המדיניות הדיסציפלינריים במל"ל  ועל בסיס עבודות המטה של מע' החוץ והביטחון וקהילת המודיעין. 

האגף אחראי לריכוז פעילויות המל"ל ופעילויות גופי החוץ והביטחון של המדינה הנוגעות להכנה ולביצוע וועדות והרכבי שרים בענייני ביטחון לאומי ולתדרוך ולהעמקת הידע הנדרש לשרים (בדגש לקבינט המדיני-ביטחוני).

בראש האגף עומד אל"מ (מיל') רן פלד.

האגף למדיניות פנים מרכז את הטיפול בסוגיות פנים בעלות ממשק לביטחון הלאומי של מדינת ישראל.

בראש האגף עומד אל"מ (מיל') עמית אבירם.

​

האגף אחראי על תכנון, גיבוש וביצוע של כל הביקורים הבינלאומיים של ראש הממשלה, בארץ ובחו"ל.

​​​​​​​​בחינת היבטים משפטיים מהווה חלק בלתי נפרד מתהליך קבלת ההחלטות בתחום המדיני ביטחוני. בחלק לא מבוטל מן הסוגיות המגיעות לפתחו של הדרג המדיני, ההיבטים המדיניים, הביטחוניים והמשפטיים שזורים זה בזה ומשליכים זה על זה.

האגף לפיתוח אסטרטגי וארגון אחראי על פיתוח תשתיות ויכולות הנדרשות  למל"ל לשם מימוש ייעודו וביצוע תפקידיו, וכן על גיוס המשאבים הנדרשים לשם כך, ניהולם ומימושם.